植检所检测能力处于行业领先水平。检测能力覆盖植物及其产品、转基因产品、牧草种子、农作物种子和物种资源查验5个产品类别，获CNAS认可检测项目468个，主要涵盖真菌、细菌、植物病毒、昆虫、线虫、杂草、转基因成分等方面的检测和植物物种鉴定。近年来，植检所多次完成濒危物种和外来物种口岸首次鉴定工作，包含被列入《濒危野生动植物国际贸易公约》（CITES）附录I的仙人掌科尤伯球属和岩牡丹属植物，被列入CITES附录II的仙人掌科，大戟科，百合科和猪笼草科植物以及特洛伊红颈凤蝶和蓝鸟翼凤蝶等濒危物种。